Đầu tiên, một trong những khó khăn của ngành là năng suất thấp dẫn đến chi phí sản xuất cao và tỷ lệ lợi nhuận trước khấu hao, thuế và chi phí lãi vay (EBITDA) có biên độ thấp. Phần lớn các Việt Nam chỉ có mức EBITDA từ 15 đến 20%, trong khi các thị trường trong khu vực khoảng 25-30%. Trừ một vài nhà máy khu vực phía Nam, còn lại các cơ sở sản xuất xi măng không sử dụng hết công suất. Hiệu suất sử dụng trung bình năm 2012 chỉ quanh mức 77%, thậm chí các nhà máy phía Bắc chỉ đạt 63%.

Thứ hai, chi phí nhiên liệu cao và nguồn nhiên liệu thay thế hạn chế. Hiện nguồn nhiên liệu như than, ga và điện chiếm 64% chi phí sản xuất clinker ở Việt Nam, cao hơn nhiều so với mức bình quân trong khu vực. Ngoài ra, việc sử dụng nguồn nhiên liệu thay thế và nguyên vật liệu thô thường được áp dụng ở các nước khác để giảm chi phí lại không phổ biến ở Việt Nam do chi phí sản xuất cao.

Thứ ba, ngành xi măng Việt Nam phát triển sau Thái Lan khoảng 1 thập kỷ và sau Trung Quốc khoảng 20 năm. Do đó, trong khi các nhà máy xi măng Trung Quốc và Thái Lan đã hết khấu hao và trả được nợ, thì các nhà máy của Việt Nam chỉ mới bắt đầu, dẫn đến việc khấu hao lớn, chi phí lãi vay cao.

Thứ tư, đòn bẩy tài chính cao. Việc phát triển các cơ sở sản xuất xi măng Việt Nam dựa chủ yếu vào vốn đi vay, đặc biệt là các khoản vay bằng ngoại tệ. Tỷ lệ nợ trên vốn chủ sở hữu của các công ty xi măng niêm yết hiện ở mức 3,9 lần, thậm chí ở Xi măng Hạ Long lên tới 11,5 lần, Xi măng Cẩm Phả là 22,3 lần.

Ngoài ra, ngành xi măng Việt Nam còn thiếu chiến lược xuất khẩu dài hạn. Theo nhận định của StoxPlus, trong khi các hợp đồng xuất khẩu dài hạn mang lại mức doanh thu tốt hơn, thì các công ty xi măng của Việt Nam không đảm bảo việc này. "Các nhà sản xuất trong nước chưa có chiến lược xuất khẩu dài hạn, vẫn coi xuất khẩu chỉ là giải pháp tạm thời, hoặc mang tính thời vụ trong khi nhu cầu trong nước chưa thật sự bứt phá", báo cáo StoxPlus nhận định.