Việc thủy điện không còn là nguồn năng lượng sạch và rẻ có thể thấy qua số lượng diện tích rừng mất đi, hay số hộ dân bị xáo trộn cuộc sống để phục vụ cho việc phát triển nguồn điện năng này trong thời gian qua. Và trong một vài năm gần đây còn được thể hiện ngày càng rõ qua thiệt hại về người và của do sự cố an toàn đập, xả lũ gây ra. Một nguy hại khác là nhiều công trình thủy điện quy mô nhỏ nhưng tác động không nhỏ. Có thể kể đến như thủy điện Krông Nô 2 và Krông Nô 3 sắp được khởi công xây dựng nằm tại vùng lõi của Vườn thuộc ranh giới hai tỉnh Đăk Lăk và Lâm Đồng. Hay như thủy điện Krông Kmar trong vùng lõi Vườn quốc gia Chư Yang Sin của Công ty Sông Đà, với công suất 12MW. Những công trình này không chỉ làm mất đi một diện tích rừng, mà nguy hiểm hơn là hủy hoại rừng nguyên sinh, làm mất đi nguồn gene quý báu của đất nước. Thiệt hại này sẽ không thể bù đắp hay khắc phục được.

Và có thể thấy, mỗi dòng sông là một hệ sinh thái thống nhất, hoàn chỉnh, không phụ thuộc vào việc phân định theo địa giới hành chính. Vì thế, ảnh hưởng không chỉ đối với cộng đồng dân cư sinh sống gần đó hay vài trăm ha rừng ở địa điểm được đưa vào quy hoạch. Điều cần quan tâm ở đây là sự phát triển nóng và dày đặc của thủy điện vừa và nhỏ đang dẫn đến việc các lưu vực sông bị tàn phá, ngăn chặn dòng chảy tự nhiên xuống hạ lưu. Lưu vực sông bị tàn phá sẽ ảnh hưởng đến kế sinh nhai của người dân hay một số ngành nghề của các địa phương dọc theo dòng sông. Hay nói cách khác là ảnh hưởng trên diện rộng, chứ không chỉ là cộng đồng dân cư lân cận khu vực thủy điện. Đặc biệt là, khi khu vực đồng bằng không còn được bồi đắp bởi phù sa nữa, thì nước ta sẽ mất đi lợi thế phát triển nông nghiệp như đang có.

Bên cạnh việc được coi là nguồn điện năng rẻ và sạch, thì thủy điện lâu nay cũng được ghắn một chức năng nữa là cắt, giảm lũ, chống hạn và cấp nước phục vụ sinh hoạt, sản xuất, bảo vệ môi trường cho vùng hạ du. Song, theo quy hoạch thủy điện trước khi rà soát, trong tổng số dung tích phòng lũ của thủy điện trên cả nước đạt khoảng 10,5 tỷ m3 thì có 10 tỷ m3 thuộc về 130 dự án có quy mô vừa và lớn (trên 30 MW), còn lại hầu hết là dự án quy mô nhỏ (dưới 30 MW). Việc gán chức năng cắt, giảm lũ vùng hạ lưu cho hơn 1.000 dự án thủy điện có dung tích nhỏ này là không khả thi. Thực tế, nhiều trường hợp, công tình thủy điện nhỏ còn làm tình trạng ngập lụt cục bộ trầm trọng hơn. Điều này có thể thấy rõ khi nhìn vào hậu quả do các đợt xả lũ của thủy điện ở Quảng Nam, Thừa Thiên Huế, Hà Tĩnh, Gia Lai và Kon Tum gây ra trong thời gian qua.

Do vậy, khi cho ý kiến với Báo cáo kết quả rà soát quy hoạch, đầu tư xây dựng các dự án thủy điện và vận hành khai thác các công trình thủy điện, các ĐBQH vẫn chưa hoàn toàn yên tâm dù Chính phủ đã loại bỏ 424 dự án khỏi quy hoạch. Bởi ngay cả việc bảo đảm an toàn đập và quản lý vận hành hồ chứa không gây hại tại mỗi công trình, thì mới chỉ giúp cho người dân vùng hạ lưu không phải nơm nớp lo sợ việc hồ thủy điện xả lũ bất ngờ, hay lo lắng công trình có thể nay thế này, mai thế khác không. Nhưng các điều kiện này chưa giúp ngăn chặn ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường sinh thái trên sông, lưu vực dòng sông, kế sinh nhai của người dân, phát triển kinh tế của địa phương...  Nhiều ý kiến cho rằng, cần tiếp tục đánh giá, xem xét toàn diện về lợi ích và thiệt hại đối với từng dự án, cũng như cả hệ thống thủy điện quy hoạch trên từng lưu vực sông, tạo cơ sở để loại bỏ hoặc cấp phép xây dựng, cũng như áp dụng biện pháp giảm thiểu tác hại, bảo đảm an ninh môi trường và xã hội.

Thực tế đang cho thấy, thủy điện không còn là nguồn năng lượng sạch và rẻ như chúng ta từng nghĩ. Cái giá phải trả cho việc mất đi rừng nguyên sinh, lưu vực sông bị tàn phá, thay đổi dòng chảy của sông chưa nhìn thấy ngay, nhưng bằng một vài phép tính có thể thấy là một con số rất lớn nếu không được chấn chỉnh kịp thời. Vì thế, chưa thể yên tâm khi loại bỏ 424 dự án khỏi quy hoạch thủy điện, mà cần tiếp tục rà soát thận trọng với các vị trí đang được Chính phủ bỏ ngỏ, thậm chí là với các nhà máy đã hoạt động.