Liên quan đến quy định tại Khoản 2, Mục I Công văn số 8356/BTC-TCHQ ngày 28-6-2013 của Bộ Tài chính về thời hạn nộp thuế: “Hàng hóa kinh doanh TNTX bao gồm cả trường hợp gửi kho ngoại quan để TNTX phải nộp các loại thuế liên quan (như hàng hóa NK kinh doanh) vào tài khoản tiền gửi của cơ quan Hải quan mở tại Kho bạc; khi tái xuất sẽ được hoàn trả”. Một số DN có hoạt động qua địa bàn Cục Hải quan Đăk Lăk thắc mắc trường hợp DN đã nộp thuế GTGT vào tài khoản tiền gửi của cơ quan Hải quan thì sau khi tái xuất cơ quan nào sẽ hoàn thuế GTGT đã nộp? Thủ tục, hồ sơ hoàn thuế như thế nào?

Tổng cục Hải quan cho biết, về vấn đề này, căn cứ Điểm c, Khoản 2, Điều 131 Thông tư 194/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý số tiền thuế nộp thừa, tiền phạt sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền phạt nộp thừa do có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp thì: “…Trường hợp người nộp thuế nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng NK cho cơ quan Hải quan trong kỳ kế toán (bao gồm trong tháng, quý, năm ngân sách) mà người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu NSNN qua Kho bạc Nhà nước, đồng thời, người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan Hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền và NSNN số tiền thuế GTGT đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển Kho bạc Nhà nước điều chỉnh. Các trường hợp thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan Hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan Thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định”. Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu Cục Hải quan Đăk Lăk căn cứ vào các hướng dẫn nêu trên để xử lý về thuế GTGT của hàng TNTX đã nộp.

Cũng liên quan đến thủ tục hoàn thuế GTGT, theo nội dung Công văn số 12485/BTC-TCT ngày 18-9-2013 của Bộ Tài chính về việc tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hóa XK qua biên giới đất liền, tại tỉnh Quảng Trị hiện nay có KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo đang hoạt động với một số loại hình XNK đặc thù. Việc XK hàng hóa từ nội địa vào KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo của các DN nội địa được khấu trừ thuế GTGT đầu vào mặc dù không nằm trong trường hợp “XK hàng hóa qua biên giới đất liền”. Để thuận lợi trong việc thực hiện các quy định, các DN có hoạt động XNK tại KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo thắc mắc: Hoạt động XK hàng hóa từ nội địa vào KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo có bị điều chỉnh bởi Công văn 12485/BTC-TCT không?

Trả lời thắc mắc này của DN, Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định tại Điều 8 quy chế KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo (Quảng Trị) ban hành kèm theo Quyết định số 11/2005/QĐ-TTg ngày 12-1-2005 thì: Quan hệ trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa KKT Thương mại Đặc biệt Lao Bảo và thị trường trong nước là quan hệ XK, NK. Do đó, trường hợp DN có hoạt động XK, NK và thuộc đối tượng quy định tại Khoản 1, Công văn 12485/BTC-TCT thuộc đối tượng phải áp dụng biện pháp tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hóa XK qua biên giới đất liền.

Một số DN có hoạt động XNK qua địa bàn quản lý của Cục Hải quan Đồng Nai nêu vướng mắc về hồ sơ hoàn thuế cho những nguyên liệu NK để sản xuất hàng XK vào KCX. Theo quy định thì hồ sơ hoàn thuế phải nộp “Bản định mức nguyên phụ liệu của DN chế xuất”. Tuy nhiên, phía khách hàng từ chối vì không muốn bị lộ công thức sản phẩm nên không cung cấp bản định mức nguyên phụ liệu. Do vậy, nhiều DN không có đủ hồ sơ để được hoàn thuế.

Tổng cục Hải quan cho biết, theo quy định tại Điểm C10, Khoản 5, Điều 112; Điều 117 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10-9-2013 thì hồ sơ hoàn thuế cho nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất hàng XK vào KCX không phải nộp bảng định mức nguyên phụ liệu của DN chế xuất.

Cục Hải quan Đồng Nai cũng phản ánh vướng mắc liên quan đến các quy định về hoàn thuế Bảo vệ môi trường và đối tượng không thu thuế Bảo vệ môi trường tại Thông tư 152/2011/TT-BTC và Thông tư 159/2012/TT-BTC đề nghị Tổng cục Hải quan chỉ đạo cụ thể đối với trường hợp này.

Vướng mắc nêu trên của Cục Hải quan Đồng Nai, Tổng cục Hải quan hướng dẫn: Căn cứ quy định tại Điều 26, Điều 130 Thông tư 128/2013/TT-BTC; Điều 1, Thông tư số 159/2012/TT-BTC của Bộ Tài chính, trường hợp bao bì NK của DN đã được thông quan theo quy định thì số bao bì đã thông quan này không được kê khai lại để được áp dụng đối tượng không chịu thuế Bảo vệ môi trường.