Hiện nay, việc khai thác cát trái phép xảy ra dọc theo tuyến sông Cái đi qua địa bàn các huyện: Khánh Vĩnh, Diên Khánh, TP. Nha Trang, sông Quán Trường (Nha Trang) và địa bàn huyện Cam Lâm. Đối với những khu vực khác như: TP. Cam Ranh, thị xã Ninh Hòa, huyện Vạn Ninh, Khánh Sơn, tình trạng khai thác đất, cát diễn ra nhỏ lẻ, phương thức chủ yếu là dùng máy múc, máy bơm tự chế hút cát hoặc ghe loại nhỏ để khai thác. Thủ đoạn của các đối tượng là lợi dụng các ngày nghỉ hoặc đêm khuya, sáng sớm để hoạt động, thậm chí các đối tượng còn cho người theo dõi cơ quan chức năng khi nào bắt đầu tổ chức truy quét thì tạm ngưng việc khai thác. Khi bị lực lượng chức năng truy quét, đa số đều có hành vi chống đối, bất hợp tác như đánh đắm ghe, gây khó khăn cho việc tạm giữ phương tiện khai thác trái phép. Hiện nay, qua công tác nắm tình hình, lực lượng công an các cấp đã tiến hành rà soát, lập kế hoạch ngăn chặn, kiểm tra, xử lý 50 cá nhân, hộ gia đình sinh sống ven sông có phương tiện liên quan đến hoạt động khai thác, vận chuyển cát, sỏi và 18 phương tiện đường thủy có gắn các phương tiện hút cát.

Cùng với đó, tình trạng khai thác quặng, thiếc trái phép trên địa bàn huyện Khánh Vĩnh tiếp tục diễn ra một cách lén lút, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái và nước đầu nguồn của tỉnh. Trong đó, các đối tượng là những lao động tự do ở địa phương và các tỉnh khác đến, tụ tập thành từng nhóm trên rừng, dựng lán trại để hoạt động khai thác quặng. Khi cơ quan chức năng tổ chức truy quét thì họ trốn trong rừng, một số bị đẩy đuổi xuống núi, sau khi cơ quan chức năng hết đợt truy quét thì quay lại tiếp tục hoạt động.
Tình hình khai thác khoáng sản trái phép còn xảy ra ở những doanh nghiệp được cấp phép. Vi phạm chủ yếu của các doanh nghiệp này là khai thác vượt giới hạn được cấp phép, không tuân thủ quy định về độ sâu của khu vực khai thác, khai thác ngoài phạm vi được cấp phép... Ngoài ra, một số doanh nghiệp chưa lắp đặt trạm cân tại vị trí đưa khoáng sản nguyên khai ra khỏi khu vực khai thác, chưa thực hiện quy trình, phương pháp xác định và các biểu mẫu thống kê sản lượng khai thác thực tế theo quy định hoặc các hành vi vi phạm pháp luật khác về môi trường, gây sạt lở, ảnh hưởng đến đời sống, sinh hoạt của người dân dọc theo hai bên bờ sông; thậm chí có doanh nghiệp đã trả giấy phép khai thác khoáng sản lại chuyển sang khai thác khoáng sản trái phép. Với tình trạng trên, các sở, ngành chức năng đã tăng cường kiểm tra, kịp thời phát hiện và xử lý nhiều trường hợp vi phạm. Điển hình là Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị tại dự án Khu đô thị Hòn Thị khai thác đất, đá trái phép đã bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh củng cố hồ sơ, khởi tố 4 bị can về hành vi vi phạm quy định về khai thác tài nguyên. Bên cạnh đó, cơ quan chức năng của tỉnh cũng tiến hành kiểm tra, phát hiện, xử phạt hành chính 17 doanh nghiệp vi phạm, yêu cầu 6 doanh nghiệp khắc phục các vi phạm.

Thời gian tới, ngoài việc tăng cường công tác quản lý nhà nước trên lĩnh vực khai thác, chế biến, vận chuyển, tiêu thụ, xuất khẩu khoáng sản, tỉnh cũng sẽ kiên quyết rút giấy phép khai thác đối với đơn vị vi phạm pháp luật trong hoạt động khai thác đã bị cơ quan chức năng xử lý, yêu cầu khắc phục nhưng không thực hiện. Bên cạnh đó, các lực lượng chức năng làm tốt công tác nắm tình hình, kịp thời phát hiện triệt phá, điều tra, xử lý nghiêm các băng nhóm hoạt động khai thác, vận chuyển, kinh doanh khoáng sản trái phép, nhất là cát, sỏi trên sông và cửa biển. 
 
Để nâng cao trách nhiệm của các sở, ngành chức năng, UBND các huyện, thị xã, thành phố trong công tác quản lý, bảo vệ khoáng sản chưa khai thác, UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 448 về việc ban hành Bộ tiêu chí đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ công tác bảo vệ tài nguyên khoáng sản trên địa bàn tỉnh.