Theo đó, người nộp thuế là tổ chức, cá nhân khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn thì bị phạt 20% số tiền thuế thiếu, số tiền thuế được hoàn, được miễn, giảm cao hơn so với quy định.

Nghị định cũng quy định rõ 4 trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, gồm: Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ; Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định nêu trên nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách Nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính thuế hoặc cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế; Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách Nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế; Sử dụng hoá đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hoá đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.

Ngoài ra, nghị định cũng quy định phạt nặng các hành vi trốn thuế như: Sử dụng hoá đơn, chứng từ bất hợp pháp; sử dụng bất hợp pháp hoá đơn, chứng từ; hoá đơn không có giá trị sử dụng để kê khai thuế làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm; huỷ bỏ chứng từ kế toán, sổ kế toán làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm...; nếu vi phạm lần đầu (không thuộc 4 trường hợp khai sai kể trên), hoặc vi phạm lần thứ hai mà có từ hai tình tiết giảm nhẹ trở lên thì mức phạt tiền là 1 lần tính trên số thuế trốn, gian lận.

Nghị định cũng quy định cụ thể một số trường hợp phạt tiền từ 1,5-3 lần tính trên số tiền thuế trốn đối với tổ chức vi phạm nhiều lần hoặc có tình tiết tăng nặng. Trong đó, sẽ phạt tiền 3 lần tính trên số tiền thuế trốn đối với tổ chức khi vi phạm từ lần thứ hai mà có 2 tình tiết tăng nặng trở lên hoặc vi phạm lần thứ 3 có tình tiết tăng nặng hoặc vi phạm lần thứ tư trở đi.

Nếu cá nhân vi phạm thì mức phạt bằng 1/2 mức phạt đối với tổ chức.