Về đối tượng không chịu thuế, Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 đã giải thích rõ về các đối tượng không chịu thuế bao gồm sản phẩm muối; các dịch vụ tài chính, ngân hàng, kinh doanh chứng khoán; sản phẩm xuất khẩu; hàng hóa, dịch vụ của hộ, cá nhân kinh doanh;

Bên cạnh đó, Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 cũng bổ sung các quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT bao gồm bảo hiểm sức khỏe; các dịch vụ bảo hiểm khác liên quan đến con người; các dịch vụ bảo hiểm nông nghiệp khác; bảo hiểm tàu, thuyền, trang thiết bị và các dụng cụ cần thiết khác phục vụ trực tiếp đánh bắt thuỷ sản; Bỏ nội dung về các dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư ra khỏi đối tượng không chịu thuế.

Về giá tính thuế, Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 bổ sung quy định đối với hàng hóa chịu thuế bảo vệ môi trường; hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường; bãi bỏ quy định về trường hợp thuê máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải của nước ngoài loại trong nước chưa sản xuất được để cho thuê lại. Giá tính thuế đối với hàng hóa nhập khẩu là giá nhập tại cửa khẩu cộng với thuế nhập khẩu (nếu có), cộng với thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) và cộng với thuế bảo vệ môi trường (nếu có).

Quy định về thuế suất: Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 thêm định nghĩa về hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được hưởng mức thuế suất 0%; Bổ sung mức thuế suất 5% khi bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội và được áp dụng từ ngày 01/07/2013; Giảm 50% mức thuế suất 10% thuế GTGT từ 01/07/2013 đến hết ngày 30/06/2014 đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở thương mại là căn hộ hoàn thiện có diện tích sàn dưới 70 m2 và có giá bán dưới 15 triệu đồng/m2.

Về phương pháp tính thuế, Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 có những sửa đổi, bổ sung cả phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp tính trực tiếp trên GTGT, trong đó: Quy định chi tiết đối với số thuế GTGT đầu ra bằng tổng số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn GTGT và đối với cơ sở kinh doanh khi áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; bổ sung thêm quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào; Quy định phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng GTGT nhân với thuế suất thuế GTGT áp dụng đối với hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quývà trường hợp số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu.

Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013 còn sửa đổi, bổ sung các trường hợp được hoàn thuế. Cụ thể: Hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế trong trường hợp lũy kế sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau 4 quý tính từ tháng, quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ; Quy định cụ thể hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu trở lên thì  được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý; Bổ sung trường hợp hoàn thuế đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài xuất cảnh và đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.